在建立MES系統(tǒng)標準體系結構時，有必要站在企業(yè)管理和管理的高度，從上到下規(guī)劃MES系統(tǒng)的整體架構系統(tǒng)，并在模型下定義每個功能模塊。 標準體系結構分為三個部分：平臺，執(zhí)行層和業(yè)務層。要實現(xiàn)全過程協(xié)調和全局優(yōu)化，實現(xiàn)不同廠商產(chǎn)品之間的標準化功能接口，提高MES系統(tǒng)對業(yè)務和管理的不斷變化的適應性。隨著MES系統(tǒng)實施方法的成熟，實施模式和評價策略逐漸向標準化、標準化方向發(fā)展。

從ERP系統(tǒng)直接把物料數(shù)據(jù)導入到MES系統(tǒng)當然是一種方便可行的方法。對生產(chǎn)物料的管理非常細致，不同于庫存和BOM－MRP模塊對物料的要求。的用戶會發(fā)現(xiàn)MES系統(tǒng)所需要的很多生產(chǎn)中間品是ERP系統(tǒng)中以前從來沒有出現(xiàn)過的，因此在MES系統(tǒng)中維護物料也是有必要的。而其中有些物料如辦公用品也是MES系統(tǒng)所不需要的。這要求MES系統(tǒng)有對ERP中物料進行篩選和假如新物料的功能。

專業(yè)定制智能工廠通過替換依賴可能丟失或損壞的物理副本的紙質文檔過程來提高安全性和一致性。系統(tǒng)之間沒有直接的數(shù)據(jù)交換，因此開發(fā)起來比較容易。就算將來對系統(tǒng)進行升級，智能工廠只要導入導出的數(shù)據(jù)格式不變，也不會對系統(tǒng)的運行產(chǎn)生影響，因此可以為許多企業(yè)所采用。PDM中可以建立單獨的MBOM樹（有些甚至還有計劃BOM、采購BOM、工藝BOM等），和EBOM使用同一套圖紙和工藝文件，只是節(jié)點的組成結構不同，這樣就保證了EBOM和MBOM數(shù)據(jù)源的性。

對中小型企業(yè)來說，使用MES系統(tǒng)對生產(chǎn)過程進行整體把控，有著很大的優(yōu)勢：提高生產(chǎn)效率：能夠有效聯(lián)接管理層和車間執(zhí)行層，形成生產(chǎn)計劃從制定、下達、執(zhí)行、到反饋和控制的閉環(huán)系統(tǒng)。生產(chǎn)現(xiàn)場操作工人可實時反饋生產(chǎn)的實際狀況，生產(chǎn)管理人員可掌握車間生產(chǎn)作業(yè)實時狀態(tài)信息，有利于提高車間生產(chǎn)管理的效率。提高產(chǎn)品質量：MES能實時采集到每個生產(chǎn)設備的執(zhí)行數(shù)據(jù)，對每個生產(chǎn)環(huán)節(jié)進行實時的質量監(jiān)控，有效降低產(chǎn)品的不良率；還可以找出質量問題的關鍵所在，及時的調整加工工藝從而提高產(chǎn)品質量。