與此同時，集成難度是另外一個MES系統(tǒng)難以快速鋪展的門檻。隨著智能工廠的建設(shè)熱潮，對于的集成提出更高的要求，縱向集成要求MES系統(tǒng)不僅與ERP集成，還要求與控制系統(tǒng)進(jìn)行集成；不僅要求進(jìn)行數(shù)據(jù)采集，還希望實現(xiàn)控制參數(shù)、工藝標(biāo)準(zhǔn)的下達(dá)。這也對MES供應(yīng)商提出很大的挑戰(zhàn)。

的業(yè)務(wù)邏輯標(biāo)準(zhǔn)詳細(xì)定義了系統(tǒng)的功能組成和各功能模塊之間的關(guān)系。當(dāng)各MES制造執(zhí)行系統(tǒng)公司的MES系統(tǒng)與外部系統(tǒng)集成時，只要滿足標(biāo)準(zhǔn)定義的功能關(guān)系和數(shù)據(jù)接口關(guān)系，就可以實現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)的集成。由于哲學(xué)，起點，產(chǎn)品增長基礎(chǔ)和增長過程的差異，MES系統(tǒng)與管理和生產(chǎn)控制系統(tǒng)之間的界限通常難以區(qū)分，軟件系統(tǒng)和功能模塊之間存在許多重疊。所以，ISA和ISO / IEC規(guī)避了關(guān)于MES系統(tǒng)邊界的爭論，并為更廣泛的制造自動化系統(tǒng)構(gòu)建參考模型。

數(shù)據(jù)采集哪家好的MES提供了在可用資源之間平衡人員，材料和設(shè)備的能力，并且能夠根據(jù)緊急程度或資源要求等約束來安排這些資源。由于人員、材料和設(shè)備的安排，專業(yè)數(shù)據(jù)采集可以優(yōu)化訂單以實現(xiàn)更快的產(chǎn)品流。即使具有復(fù)雜的時間表，系統(tǒng)也可以評估和顯示每個操作運行的時間，并且對于比平常花費更長時間的時間段，可以在報告中標(biāo)記此信息或直接發(fā)送給員工以確定根本原因。

的選商方面，除了要充分剖析自身企業(yè)實力，明確企業(yè)信息化目標(biāo)外，還要完全了解MES系統(tǒng)軟件供應(yīng)商，對他們的研發(fā)實力、行業(yè)經(jīng)驗、數(shù)據(jù)的安全性、實施能力、系統(tǒng)集成能力、價格和開發(fā)周期進(jìn)行深入了解和分析，切勿因為供應(yīng)商的名氣大、價格優(yōu)、上線快而作為優(yōu)選導(dǎo)致本末倒置。